住宅借入金等特別控除は所得税のみの制度でしたが、税源移譲によって所得税が減り、今まで控除できていた住宅ローン控除の本来の金額が減少してしまう場合があります。
　この減少額を調整するため、所得税額から控除できなかった部分の控除額を翌年の市・県民税から控除できるようになりました。

《対　象》
平成11年1月1日から平成18年12月31日までに入居し、住宅ローン控除を受けている方で、所得税額から住宅ローン控除額を引ききれなかった方。

《計算方法》
次の（１）か（２）の少ない額−その年分の所得税額（※）＝住民税（所得割）からの控除額
（１）住宅借入金等特別控除可能額
（２）税源移譲前の税率で計算した所得税額（※）
※住宅借入金等控除を適用する前の所得税額

○収入
　　給与収入　4,000,000円　→　給与所得　2,660,000円
○控除額
　　控除額合計　　　1,540,000円　　(内訳)　社会保険料控除　400,000円　　配偶者控除　　380,000円
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　　　　　　一般扶養（子） 　　380,000円　　基礎控除 　　　380,000円
○住宅借入金等特別控除額（平成17年中入居開始のもの）
　　年末ローン残高　1,000万円　×　1%　→　100,000円・・・【１】
（給与所得）2,660,000円　−　（控除額合計）1,540,000円　=　（課税所得額）1,120,000円
＜税源移譲前の税率での所得税額＞
（課税所得額）1,120,000円　×　（所得税率）10%　=　112,000円・・・【２】
＜税源移譲後の税率での所得税額＞
（課税所得額）1,120,000円　×　（所得税率）5%　=　56,000円・・・【３】

【１】と【２】のいずれか少ない金額から【３】の金額を控除
【１】100,000円　-　【３】56,000円　=　44,000円・・・【４】
【４】44,000円が住民税（所得割）から減額する住宅借入金特別税額控除金額となります。

《申告の方法》
　対象となる方は、毎年2月16日から3月15日まで（確定申告期間中）に年末調整や確定申告とは別に「住宅借入金等特別税額控除申告書」の提出が必要になります。
　申告することにより、その年の6月から課税される住民税から控除されます。